Проблемы с регистрацией нового договора аренды - в чем причина отказа?

Без изучения документов Вам ответить не возможно.

Для информации:

ч. 4 ст. 17.1 135-фз была исключена законом вступившим в силу 06 января 2012 г. Я думаю это задолго до вашего обращения о регистрации заключения нового договора.

Пунктом 9 ст. 17.1 135-фз установлено, что по истечении срока договора аренды, указанного в частях 1 и 3 настоящей статьи, заключение такого договора на новый срок с арендатором, надлежащим образом исполнившим свои обязанности, осуществляется без проведения конкурса, аукциона, если иное не установлено договором и срок действия договора не ограничен законодательством Российской Федерации, при одновременном соблюдении следующих условий:

 1) размер арендной платы определяется по результатам оценки рыночной стоимости объекта, проводимой в соответствии с законодательством, регулирующим оценочную деятельность в Российской Федерации, если иное не установлено другим законодательством Российской Федерации; 

2) минимальный срок, на который перезаключается договор аренды, должен составлять не менее чем три года. Срок может быть уменьшен только на основании заявления арендатора.(часть 9 введена Федеральным законом от 06.12.2011 N 401-ФЗ) 10.

Как видно из содержания указанной статьи необходимым условием заключения договора на новый срок является не только надлежащее исполнение арендатором своих обязательств по предыдущему договору, но и соблюдение двух других пунктов части 9 статьи 17.1, а именно относительно цены и минимального срока.

Возможно это и является основанием отказа.

Но это предположение, не видя документов точно сказать нельзя.