Как правильно оформить декретные и урегулировать ситуацию с руководителем?

Во-первых, зачем Вам брать за свой счет? Уходите на больничный, он хотя бы оплачивается.

Во-вторых, если Вы находитесь на декретном месте, то в соответствии со ст.261 ТК РФ допускается увольнение женщины в связи с истечением срока трудового договора в период ее беременности, если трудовой договор был заключен на время исполнения обязанностей отсутствующего работника и невозможно с письменного согласия женщины перевести ее до окончания беременности на другую имеющуюся у работодателя работу (как вакантную должность или работу, соответствующую квалификации женщины, так и вакантную нижестоящую должность или нижеоплачиваемую работу), которую женщина может выполнять с учетом ее состояния здоровья. При этом работодатель обязан предлагать ей все отвечающие указанным требованиям вакансии, имеющиеся у него в данной местности. Предлагать вакансии в других местностях работодатель обязан, если это предусмотрено коллективным договором, соглашениями, трудовым договором.

Декретные получаете только Вы, как работающая. Муж их получить не может. Он может получить на своей работе только пособие при рождении ребенка, а также пособие по уходу за ребенком до 1,5 лет, но для получения последнего пособия ему действительно необходимо уходить в "декрет", поскольку данное пособие подразумевает собой, что человек находится дома с ребенком и не работает