И считается ли прохождение профпереподготовки повышением квалификации.

Получение Вами образования в неаккредитованном учебном заведении с выдачей итогового документа о квалификации считается получением высшего образования впервые в изранном Вами объеме (бакалавр, специалист, магистр). Если вы получили диплом одной из ступеней (бакалавр, например), то освоение следующей ступени в другом ВУЗе с получением диплома ГО считается продолжением первого высшего образования.

В любом случае Выпускник неаккредитованного ВУЗа вправе получить позднее диплом государственного образца в соответсвующем заведении на условиях экстерната, в порядке установленном для получения образования впервые. Т.е. эта ситуация так же будет рассматриваться как получение высшего образование впервые.

Вы же получаете его в заочной форме, что формально ( с т.з. ФЗ "О высшем и послевузовском профессиональном образовании") уже можно толковать как получение второго высшего образования.

Что касается вопроса о профпереподготовке, то это является формой дополнительного образования, которое определяется законом, как образование, целью которого является повышение квалификации. Следовательно профпереподготовка - это повышение квалификации.

Ситуация об оплачиваемых учебных отпусках в Вашем случае следующая:

Т.к. согласно ТК РФ в случае обучения в 2-х учебных заведениях гарантии и компенсации представляются только в связи с обучением в одном из них, а обязанность работодателя предоставления гарантий и компенсаций для получения дополнительного образования не предусмотрена, Вам лучше выбрать как основание обучение по заочной форме. Однако, в этом случае, как я уже комментировал выше, работодатель вправе посчитать, что Вы получаете образование второй раз и на законных основаниях отказать.