Как выехать из РФ при наличии только внутреннего паспорта иностранца?

Если Вы - гражданин РФ, то на Вас ограничение 90 дней не распространяется.

Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации"

Статья 5. Временное пребывание иностранных граждан в Российской Федерации

1. Срок временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации определяется сроком действия выданной ему визы, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Федеральным законом.

СРОК ВРЕМЕННОГО ПРЕБЫВАНИЯ В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ИНОСТРАННОГО ГРАЖДАНИНА, ПРИБЫВШЕГО В РОССИЙСКУЮ ФЕДЕРАЦИЮ В ПОРЯДКЕ, НЕ ТРЕБУЮЩЕМ ПОЛУЧЕНИЯ ВИЗЫ, НЕ МОЖЕТ ПРЕВЫШАТЬ ДЕВЯНОСТО СУТОК СУММАРНО В ТЕЧЕНИЕ КАЖДОГО ПЕРИОДА В СТО ВОСЕМЬДЕСЯТ СУТОК, ЗА ИСКЛЮЧЕНИЕМ СЛУЧАЕВ, ПРЕДУСМОТРЕННЫХ НАСТОЯЩИМ ФЕДЕРАЛЬНЫМ ЗАКОНОМ, А ТАКЖЕ В СЛУЧАЕ, ЕСЛИ ТАКОЙ СРОК НЕ ПРОДЛЕН В СООТВЕТСТВИИ С НАСТОЯЩИМ ФЕДЕРАЛЬНЫМ ЗАКОНОМ.

Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, и являющегося высококвалифицированным специалистом, и срок временного пребывания в Российской Федерации членов его семьи определяются сроком действия разрешения на работу, выданного такому высококвалифицированному специалисту в соответствии со статьей 13.2 настоящего Федерального закона.

...

Михаил, проблем с выездом не будет, но будут проблемы, в связи с тем, что вы не сообщили в органы ФМС о своем втором гражданстве.