Как самостоятельно прописать новорожденного ребенка в квартиру мужа в отсутствие последнего и с чем это связано?

Бред она сказала. Дети до 14 лет должны жить с родителями (п.2 ст. 20 ГК РФ). Если и муж и Вы там зарегистрированы, то она обязана туда зарегистрировать и ребенка

Существует Административный регламент ФМС по предоставлению государственной услуги по регистрационному учету граждан РФ по месту пребывания и по месту жительства в пределах РФ", утвержденный Приказ ФМС России от 11.09.2012 N 288

Вас касаются пунткы:

114. Регистрация по месту жительства несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста и проживающих вместе с родителями (усыновителями, опекунами), осуществляется на основании документов, удостоверяющих личность родителей (усыновителей), или документов, подтверждающих установление опеки, и свидетельства о рождении этих несовершеннолетних с письменного согласия их законных представителей. Указанная регистрация осуществляется с выдачей свидетельства о регистрации по месту жительства формы N 8 (приложение N 15 к Регламенту).

115. В случае прибытия несовершеннолетних граждан вместе с родителями (усыновителями, опекунами) к месту жительства в жилые помещения государственного, муниципального и специализированного жилищного фонда, регистрация детей осуществляется независимо от согласия наймодателя, нанимателя и граждан, постоянно проживающих в данном жилом помещении.

116. Новорожденные регистрируются по месту жительства родителей или одного из родителей в порядке, установленном пунктами 114 и 115 Регламента.

Должностные лица, ответственные за регистрацию, а также граждане и юридические лица, предоставляющие для проживания принадлежащие им на праве собственности жилые помещения, в 3-дневный срок со дня обращения к ним законных представителей несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста, представляют в орган регистрационного учета заявление о регистрации ребенка по месту жительства, удостоверенного надлежащим образом, свидетельство о его рождении и иные учетные документы.

117. Регистрация по месту пребывания и по месту жительства несовершеннолетних граждан к родителям (усыновителям, опекунам, попечителям), проживающим в жилых помещениях, принадлежащих иным гражданам на праве собственности, осуществляется независимо от их согласия.

Таким образом:

- согласия собственников помещения не требуется

- требуется согласие одного супруга на регистрацию ребенка по месту жительства другого супруга, если эти места не совпадают

- вы требуете зарегистрировать ребенка по мету своего пребывания, являющегося одновременного местом жительства супруги.

Отказ паспортистки не правомерен.

Либо требуйте письменный отказ паспортистки, либо самостоятельно обратитесь с заявлением непосредственно в отдел ФМС своего района. Можете напрямую к начальнику отдела в приемное время. Он заодно вставит фитиль паспортистке