Пенсионный фонд подал в суд на взыскание неуплаченных страховых взносов и пени с ИП, прекратившего деятельность в 2013 году - есть ли законные основания и каков срок давности?

Пока все законно.

Ходатайство о сроке исковой давности может быть заявлено ТОЛЬКО в СУДЕБНОМ процессе заинтересованной стороной.

Суд самостоятельно не имеет права применять СИД.

Федеральный закон от 24 июля 2009 г. N 212-ФЗ "О страховых взносах в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования"

Статья 45. Срок давности привлечения к ответственности за совершение правонарушения

1. Лицо не может быть привлечено к ответственности за совершение правонарушения, если со дня его совершения либо со следующего дня после дня окончания периода, в течение которого было совершено это правонарушение, и до дня вынесения решения о привлечении к ответственности истекло три года (срок давности).

2. Течение срока давности привлечения к ответственности за совершение правонарушения приостанавливается, если лицо, привлекаемое к указанной ответственности, активно противодействовало проведению выездной проверки, что стало непреодолимым препятствием для ее проведения и определения органами контроля за уплатой страховых взносов сумм страховых взносов, подлежащих уплате в государственные внебюджетные фонды.

3. Течение срока давности привлечения к ответственности за совершение правонарушения считается приостановленным со дня составления акта, предусмотренного частью 2 статьи 36 настоящего Федерального закона. В этом случае течение срока давности привлечения к указанной ответственности возобновляется со дня, когда прекратили действие обстоятельства, препятствующие проведению выездной проверки, и вынесено решение о возобновлении выездной проверки.