Включать ли супруга в долю при оформлении мат капитала, если квартира взята в ипотеку до брака и я единственный собственник? Как избежать потенциальных проблем в случае развода?

Да, должны выделить ему также долю, но он может нотариально отказаться от своей доли (в чем сомневаюсь, если отношения не очень хорошие).

Вы обязаны учитывать положения ч.4 ст.10 Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей", где установлено:

"4. Жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению."

При этом имейте ввиду текст Письма Министерства экономического развития РФ от 28 июня 2011 г. N Д23-2738, где указано:

"...Таким образом, исходя из положений действующего законодательства, размер доли в праве общей долевой собственности на жилое помещение, приобретаемое с использованием средств МСК, в том числе доли несовершеннолетних детей, должен определяться на основании письменного соглашения всех дееспособных членов семьи.

Кроме того, в связи с тем, что при появлении нового совместно проживающего члена семьи (например, при рождении ребенка) он также будет иметь право на долю в таком жилом помещении, в указанном соглашении об определении долей должно быть предусмотрено положение о возможности уменьшения (перераспределения) долей участников общей долевой собственности."

Да к сожалению для вас необходимо включать