Как мне, получив «урезанные» отпускные, более компетентно провести переговоры с бухгалтерией?

"Отпускные" должны выплачиватсья в размере среднего заработка, ни каких снижений не допускается, ст. 114 ТК РФ -

Работникам предоставляются ежегодные отпуска с сохранением места работы (должности) и среднего заработка.

Порядок исчисления среднего заработка единый для всех, ст. 139 ТК РФ -

Для всех случаев определения размера средней заработной платы (среднего заработка), предусмотренных настоящим Кодексом, устанавливается единый порядок ее исчисления.

Для расчета средней заработной платы учитываются все предусмотренные системой оплаты труда виды выплат, применяемые у соответствующего работодателя независимо от источников этих выплат.

При любом режиме работы расчет средней заработной платы работника производится исходя из фактически начисленной ему заработной платы и фактически отработанного им времени за 12 календарных месяцев, предшествующих периоду, в течение которого за работником сохраняется средняя заработная плата. При этом календарным месяцем считается период с 1-го по 30-е (31-е) число соответствующего месяца включительно (в феврале - по 28-е (29-е) число включительно).

Средний дневной заработок для оплаты отпусков и выплаты компенсации за неиспользованные отпуска исчисляется за последние 12 календарных месяцев путем деления суммы начисленной заработной платы на 12 и на 29,4 (среднемесячное число календарных дней).

Средний дневной заработок для оплаты отпусков, предоставляемых в рабочих днях, в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, а также для выплаты компенсации за неиспользованные отпуска определяется путем деления суммы начисленной заработной платы на количество рабочих дней по календарю шестидневной рабочей недели.

В коллективном договоре, локальном нормативном акте могут быть предусмотрены и иные периоды для расчета средней заработной платы, если это не ухудшает положение работников.

Особенности порядка исчисления средней заработной платы, установленного настоящей статьей, определяются Правительством Российской Федерации с учетом мнения Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.

Оплата листков нетрудоспособности действительно производится в зависимости от ОБЩЕГО стажа работы, а не от стажа работы на предприятии, также имеется максимальная его сумма. Но работодатель вправе расширять гарантии и компенсации и доплачивать своим работникам до 100% среднего заработка из своего кармана в зависимости от стажа работы на предприятии.

Таким образом, по отпускным суммам работодатель не прав абсолютно, по листкам нетрудоспособности сказать однозначно сложно.

Вопрос преследования работодателем работника, в связи с ранее выигранным делом, не правовой, тут Вы сами пожалуйста оценивайте опасность увольнения по отрицательным мотивам.