Проблема с отпуском по уходу за ребенком - будут ли оспариваться документы о прогулах в суде

Екатерина, к сожалению, работодатель имеет право это сделать. Если уволят, обжалуйте. Исход дела трудно предсказать.

ТК РФ, Статья 261. Гарантии беременной женщине и лицам с семейными обязанностями при расторжении трудового договора

""Расторжение трудового договора с женщиной, имеющей ребенка в возрасте до трех лет, с одинокой матерью, воспитывающей ребенка-инвалида в возрасте до восемнадцати лет или малолетнего ребенка - ребенка в возрасте до четырнадцати лет, с другим лицом, воспитывающим указанных детей без матери, с родителем (иным законным представителем ребенка), являющимся единственным кормильцем ребенка-инвалида в возрасте до восемнадцати лет либо единственным кормильцем ребенка в возрасте до трех лет в семье, воспитывающей трех и более малолетних детей, если другой родитель (иной законный представитель ребенка) не состоит в трудовых отношениях, по инициативе работодателя не допускается (за исключением увольнения по основаниям, предусмотренным пунктами 1, 5 - 8, 10 или 11 части первой статьи 81 или пунктом 2 статьи 336 настоящего Кодекса).

Екатерина, заявление Вам нужно было направлять почтой.

В случае увольнения рекомендую Вам затребовать у работодателя все документы и обратиться за помощью к юристу/адвокату. Основания для восстановления на работе будут, как минимум, по причине нарушения порядка применения дисциплинарного взыскания - у Вас не запрошены объяснения.