Как правильно решить проблему с просроченной визой и видом на жительство в России для гражданина Черногории?

Как лучше поступить в такой ситуации:

Мой папа (60 лет) гражданин Черногории, но с 20 лет работает в России архитектором. Есть недвижимость здесь, трое детей (сейчас все совершеннолетние) родились и прописаны также в Москве. Соответственно, у него все это время был вид на жительство. В марте 2016 г он истек и его необходимо было переоформить, но, к сожалению, он опоздал на два дня. Было слушание и ему выписали штраф за просрочку, а также предупредили, что ему необходимо покинуть страну до конца этой недели (при этом ему сказали, что через месяц он может вернуться обратно, если его дети напишут ему приглашение). Он должен был улететь вчера, но в аэропорту на таможне ему сказали, что у него нет визы (при этом про необходимость визу ему никто даже не говорил в ФМС ни разу!). Поэтому у него два варианта:

1) он может улететь, но ему поставят штамп о депортации на 5 лет+штраф о попытке незаконного пересечения граница

2) он может не улетать и решать все проблемы в России+штраф о попытке незаконного пересечения граница.

Он выбрал второй вариант. Но сейчас вопрос, куда ему ехать? В ФМС, где начальник настолько безграмотный, что даже не сказал про визу, либо в другие инстанции? И как ему оформлять визу, если у него просрочен вид на жительство и уже два штрафа?