Как избежать доли младшего сына при покупке квартиры на материнский капитал?

Ничего, органы опеки такую сделку никогда не одобрят, особенно если у младшего другого недвижимого имущества нет;

"Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)" от 30.11.1994 N 51-ФЗ (ред. от 29.12.2017)

""Статья 28. Дееспособность малолетних

Позиции высших судов по ст. 28 ГК РФ ">>>"

""1. За несовершеннолетних, не достигших четырнадцати лет (малолетних), сделки, за исключением указанных в пункте 2 настоящей статьи, могут совершать от их имени только их родители, усыновители или опекуны.

""К сделкам законных представителей несовершеннолетнего с его имуществом применяются правила, предусмотренные пунктами 2 и 3 статьи 37 настоящего Кодекса.

""2. Малолетние в возрасте от шести до четырнадцати лет вправе самостоятельно совершать:

""1) мелкие бытовые сделки;

КонсультантПлюс: примечание.

Сделки с недвижимостью (включая принятие в дар) за малолетних совершают их законные представители (Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 23.06.2015 N 25).

2) сделки, направленные на безвозмездное получение выгоды, не требующие нотариального удостоверения либо государственной регистрации;

3) сделки по распоряжению средствами, предоставленными законным представителем или с согласия последнего третьим лицом для определенной цели или для свободного распоряжения.

""3. Имущественную ответственность по сделкам малолетнего, в том числе по сделкам, совершенным им самостоятельно, несут его родители, усыновители или опекуны, если не докажут, что обязательство было нарушено не по их вине. Эти лица в соответствии с законом также отвечают за вред, причиненный малолетними.

" Открыть полный текст документа ""Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)" от 30.11.1994 N 51-ФЗ (ред. от 29.12.2017)

""Статья 37. Распоряжение имуществом подопечного

Позиции высших судов по ст. 37 ГК РФ ">>>"

""1. Опекун или попечитель распоряжается доходами подопечного, в том числе доходами, причитающимися подопечному от управления его имуществом, за исключением доходов, которыми подопечный вправе распоряжаться самостоятельно, исключительно в интересах подопечного и с предварительного разрешения органа опеки и попечительства. Суммы алиментов, пенсий, пособий, возмещения вреда здоровью и вреда, понесенного в случае смерти кормильца, а также иные выплачиваемые на содержание подопечного средства, за исключением доходов, которыми подопечный вправе распоряжаться самостоятельно, подлежат зачислению на отдельный номинальный счет, открываемый опекуном или попечителем в соответствии с главой 45 настоящего Кодекса, и расходуются опекуном или попечителем без предварительного разрешения органа опеки и попечительства. Опекун или попечитель предоставляет отчет о расходовании сумм, зачисляемых на отдельный номинальный счет, в порядке, установленном Федеральным законом "Об опеке и попечительстве". Случаи, при которых опекун вправе не предоставлять отчет о расходовании сумм, зачисляемых на отдельный номинальный счет, устанавливаются Федеральным законом "Об опеке и попечительстве".

(в ред. Федеральных законов от 30.12.2012 N 302-ФЗ, от 29.12.2017 N 459-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""2. Опекун не вправе без предварительного разрешения органа опеки и попечительства совершать, а попечитель - давать согласие на совершение сделок по отчуждению, в том числе обмену или дарению имущества подопечного, сдаче его внаем (в аренду), в безвозмездное пользование или в залог, сделок, влекущих отказ от принадлежащих подопечному прав, раздел его имущества или выдел из него долей, а также любых других действий, влекущих уменьшение имущества подопечного.

(в ред. Федерального закона от 30.12.2012 N 302-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

Порядок управления имуществом подопечного определяется Федеральным законом "Об опеке и попечительстве".

(в ред. Федерального закона от 24.04.2008 N 49-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""3. Опекун, попечитель, их супруги и близкие родственники не вправе совершать сделки с подопечным, за исключением передачи имущества подопечному в качестве дара или в безвозмездное пользование, а также представлять подопечного при заключении сделок или ведении судебных дел между подопечным и супругом опекуна или попечителя и их близкими родственниками

Что можно сделать с долей младшего сына чтоб он не был одним из собственников в новой квартире? Можно ли чась от проданной комнаты перевести ему на счет?

Да, можно так сделать с согласия ПФР и органов опеки.