С 2001 г. в расчетном отделе меня направили в налоговую инспекцию т.к. с 1.01.01 г. эта льгота предоставляется через гос. налог.

Интересная ситуация. Норма ст. 220 НК РФ о том, что имущественные налоговые вычеты предоставляются налоговым органом на основании письменного заявления налогоплательщика при подаче им налоговой декларации в налоговые органы по окончании налогового периода, является императивной. Налоговые агенты - (организации) предоставление имущественных налоговых вычетов не производят (это подтверждено разделом VI Методических рекомендаций налоговым органам о порядке применения главы 23 "Налог на доходы физических лиц" части второй НК РФ, утвержденных Приказом МНС РФ от 29.11.2000 г. N БГ-3-08/415).

Действительно, закон обратной силы не имеет. При введении с 01.01.2001 г. главы 23 "Налог на доходы физических лиц" части II НК РФ законодателем не был определен механизм реализации налогоплательщиками своего права на льготы, которыми он воспользовался до 01.01.2001 г. Вот и возникают проблемы. Но понятие "льгота по подоходному налогу" существенно не отличается от понятия "имущественный налоговый вычет". Это практически одно и тоже. Поэтому льгота, полученная в 2000 году и не полностью использованная налогоплательщиком, должна быть перенесена на последующие налоговые периоды до полного ее использования по правилам ст. 220 НК РФ и этот вопрос должен решаться налоговым органом. В принципе на практике так и происходит.