Как обеспечить законность проживания сестры в квартире, которую я выкупаю у неё ипотекой и маткапиталом?

Если она прописана то имеет полное право там находится.

У Вас в договоре должен быть пункт, где указано в течение какого срока она должна сняться с регистрационного учета и освободить квартиру. Дальнейшее её проживание (после этого срока) в квартире при отсутствии Вашего согласия незаконно.

1. Передаточный акт по денежным средствам или передаточный акт о передаче купленной доли не подписан? Если не подписан передаточный акт о передаче доли, то надо смотреть условия в договоре купли-продажи, когда он должен быть подписан и требовать передачи доли.

2. Что указано в договоре о дате освобождения квартиры? Если условие договора не исполняется, Вы вправе требовать его исполнения, в т.ч. в судебном порядке.

3. Если у Вас уже в собственности 1/2 доля, да еще и на вторую половину госрегистрация перехода права собственности произведена, то что тогда Вам мешает пользоваться квартирой? Она однокомнатная?

Сестра препятствовала Вашему вселению еще до продажи доли? Ответы на эти вопросы очень нужны, чтобы понять, что Вам делать.

Она уже выписана, и снята с регистрационного учёта. Прописана я одна там, а в собственности у меня с моим мужем. Но мат. капитал ими ещё не получен (16 марта решение) , она не может приобрести жилье (не хватает), поэтому она там и живёт. Квартира двухкомнатная.