Перевод на другую должность в отпуске - будут ли удержаны отпускные за оставшую часть?

Нет, если организация та же - и за сам ранний выход удержаний быть не может (разве что за дни отпуска, после работы в этот период, оплачиваемые в установленном порядке), и трудовые отношения не прерываются, если организация та же.

Здравствуйте, Вадим! Из Вашего вопроса не очень понятно - почему в связи с переводом на другую должность у прежнего работодателя Вы должны выйти на работу раньше, чем закончится отпуск. До окончания предоставленного очередного ежегодного отпуска работодатель может Вас отозвать только при наличии Вашего согласия (ст.125 ТК РФ). При этом, неиспользованная в связи с этим часть отпуска должна быть предоставлена по выбору работника в удобное для него время в течение текущего рабочего года или присоединена к отпуску за следующий рабочий год. При отзыве из отпуска естественно возникает переплата отпускных, так как работнику начисляется заработная плата за эти дни, которые ему уже оплатили ранее в качестве отпуска. Произвести возврат переплаченных отпускных работодателю в одностороннем порядке не получится, так как в этом случае необходимо получить Ваше согласие. При этом, переплаченные отпускные можно зачесть в заработную плату. Если Вы откажетесь, то работодатель, скорее всего, зачтет эту сумму при расчете следующих отпускных.