Дополнительное соглашение к долгосрочному договору аренды было заключено, но не зарегистрировано.

Отсутствие регистрации не влечет никакий ответственности для сторон договора аренды, оно является обязательным для исполнения сторонами договора аренды, но не влечет обязательств для третьих лиц

Постановление ВАС 73

14. Согласно пункту 2 статьи 609 ГК РФ договор аренды недвижимого имущества подлежит государственной регистрации, если иное не установлено законом.

В случае если стороны достигли соглашения в требуемой форме по всем существенным условиям договора аренды, который в соответствии с названным положением подлежит государственной регистрации, но не был зарегистрирован, то при рассмотрении споров между ними судам надлежит исходить из следующего.

Если судами будет установлено, что собственник передал имущество в пользование, а другое лицо приняло его без каких-либо замечаний, соглашение о размере платы за пользование имуществом и по иным условиям пользования было достигнуто сторонами и исполнялось ими, то в таком случае следует иметь в виду, что оно связало их обязательством, которое не может быть произвольно изменено одной из сторон (статья 310 ГК РФ), и оснований для применения судом положений статей 1102, 1105 этого Кодекса не имеется. В силу статьи 309 ГК РФ пользование имуществом должно осуществляться и оплачиваться в соответствии с принятыми на себя стороной такого соглашения обязательствами.

Если названным соглашением установлена неустойка за нарушение условий пользования имуществом, она подлежит взысканию с должника.

В то же время в силу статьи 308 ГК РФ права, предоставленные лицу, пользующемуся имуществом по договору аренды, не прошедшему государственную регистрацию, не могут быть противопоставлены им третьим лицам. В частности, такое лицо не имеет преимущественного права на заключение договора на новый срок (пункт 1 статьи 621 ГК РФ), а к отношениям пользователя и третьего лица, приобретшего на основании договора переданную в пользование недвижимую вещь, не применяется пункт 1 статьи 617 ГК РФ.

Никаких, т.к. дополнительный договор является не самостоятельным а составной частью основного договора.