Следует ли изымать деньги с депозита при обжаловании решения суда о принудительном выкупе доли?

В принципе, такой вариант возможен. Даже если Вы подадите на возврат денежных средств с "депозита", это никак не может повлиять на возможность обжалования решения суда в апелляционном порядке (ст. 320 ГПК РФ). Но какое решение примет суд апелляционной инстанции - здесь уже невозможно предугадать. Вообще, по смыслу требований ст. 252 ГК РФ, суд может принять решение обязать остальных участников долевой собственности выплатить другому участнику соответствующую компенсацию за его долю. Подобное решение вправе принять и суд апелляционной инстанции, в случае, если отменит решение суда первой инстанции и примет новое решение (ст. 328 ГПК РФ). Т.е. законом не ставится в прямую зависимость обязательное нахождение на депозите денежных средств, необходимых для выкупа доли, хотя это и целесообразно. Остальные вопросы должны будут решаться уже в рамках исполнения решения суда, исполнительного производства.

Тогда можете деньги забрать внести во вклад но при этом взять выписку с банка, что вы во вкладе держите чтобы апелляции хотя бы сказать о том что я денежные средства не трачу и они у меня во вкладе вот выписка есть.

Но я бы не стал этого делать потому как доказательство и внесения денег в депозит как раз и свидетельствует о том что иск можно удовлетворять