Мой сын встал на воинский учет в 2000 году снялся с учета в связи с переездом в другой регион...

Согласно действующим правилам, личная карточка гражданина, снятого с воинского учета, хранится отдельно от основной картотеки до проведения очередной сверки с военным комиссариатом. После сверки карточка подлежит уничтожению по специальному акту. При этом ежегодная сверка определяет фактический срок хранения — примерно один год. Важно отметить, что сокращение установленных сроков хранения документов не допускается, а увеличение возможно. В военкомате должны соблюдать процедуру уничтожения документов по акту после сверки.

Обычно срок хранения 5 лет.

Дело скорее всего давно уничтожили.

Создаётся новое по месту воинского учета.

Здесь также штраф будет за отсутствие учёта в ВК.

В соответствии с абз. 3 п. 2 ст. 1, ст. 10, Федерального закона «О прокуратуре Российской Федерации», "Инструкции о порядке рассмотрения и разрешения обращений и приема заявителей в органах прокуратуры" (утв. Приказом Генпрокуратуры России от 30.01.2013 N 45) Прокуратура осуществляет надзор за соблюдением прав и свобод человека и гражданина, а также рассматривает, проверяет, и разрешают поданные заявления, жалобы, обращения и иные сообщения о нарушении прав и свобод человека и гражданина.

А поэтому Вам следует направить жалобу в Прокуратуру, для проведения проверки за незаконные действия, превышение полномочий, самоуправство и привлечение к ответственности (ст.10 ФЗ "О прокуратуре РФ" от 17.01.1992 N 2202-1).