Я обращалась в ОВИР в Караганде, там мне сказали, что отказывают неправильно и если так то отказ должен быть в письменном виде

Уважаемая, Светлана!

В соответствии со ст. 16 Федерального закона от 31 мая 2002 г. N 62-ФЗ "О гражданстве Российской Федерации":

Статья 16. Основания отклонения заявлений о приеме в гражданство Российской Федерации и о восстановлении в гражданстве Российской Федерации

Отклоняются заявления о приеме в гражданство Российской Федерации и о восстановлении в гражданстве Российской Федерации, поданные лицами, которые:

а) выступают за насильственное изменение основ конституционного строя Российской Федерации или иными действиями создают угрозу безопасности Российской Федерации;

б) в течение пяти лет, предшествовавших дню обращения с заявлениями о приеме в гражданство Российской Федерации или о восстановлении в гражданстве Российской Федерации, выдворялись за пределы Российской Федерации в соответствии с федеральным законом;

в) использовали подложные документы или сообщили заведомо ложные сведения;

г) состоят на военной службе, на службе в органах безопасности или в правоохранительных органах иностранного государства, если иное не предусмотрено международным договором Российской Федерации;

д) имеют неснятую или непогашенную судимость за совершение умышленных преступлений на территории Российской Федерации или за ее пределами, признаваемых таковыми в соответствии с федеральным законом;

е) преследуются в уголовном порядке компетентными органами Российской Федерации или компетентными органами иностранных государств за преступления, признаваемые таковыми в соответствии с федеральным законом (до вынесения приговора суда или принятия решения по делу);

ж) осуждены и отбывают наказание в виде лишения свободы за действия, преследуемые в соответствии с федеральным законом (до истечения срока наказания);

Таким образом, если судимость у Вашего сына за совершение умышленного преступления, то действия ФМС РФ правомерны, если же он был судим за преступление, совершенное , например, по неосторожности, тогда отказ неправомерен.