В Москве - отказали без наличия загранпаспорта и справок (на ВИЧ, судимость).

А вы как хотели обойти порядок получения РВП? Упрошенную процедуру отменили с 01 июля 2009 г. Нужно собирать все справки и медицину. Отказ вполне правомерен.

"Статья 14. Прием в гражданство Российской Федерации в упрощенном порядке

...

5. В гражданство Российской Федерации принимаются в упрощенном порядке без соблюдения условий, предусмотренных пунктами "а", "в", "г" и "д" части первой статьи 13 настоящего Федерального закона, и без представления вида на жительство ветераны Великой Отечественной войны, имевшие гражданство бывшего СССР и проживающие на территории Российской Федерации.

6. В гражданство Российской Федерации принимаются в упрощенном порядке без соблюдения условий, предусмотренных частью первой статьи 13 настоящего Федерального закона, ребенок и недееспособное лицо, являющиеся иностранными гражданами или лицами без гражданства:

...

в) ребенок или недееспособное лицо, над которыми установлены опека или попечительство, - по заявлению опекуна или попечителя, имеющих гражданство Российской Федерации."

То есть варианта как минимум, два:

- получение разрешения на временное проживание (2-3 мес.) в РФ и сразу подача на гражданство РФ (6-7 мес.),

- если опекун - россиянин, то можно сразу подать на гражданство РФ, даже без приезда в РФ матери.