Вопрос об оплате отпуска - правомерно ли начисление оплаты с 03.11.2016 вместо 20.10.2016?

Нет, это неправомерно. .Учебный отпуск не относится к виду отдыха в отличии от ежегодного оплачиваемого отпуска, поскольку имеет целевое назначение и не может быть перенесён на другой срок или продлен. Одновременно в двух отпусках работник также находиться не может, но при этом имеет право отдых, предоставляемый ему в порядке очередности, установленной графиком отпусков. Совершенно очевидно, что этот случай в полной мере можно отнести к другим случаям согласно статьей 124 ТК РФ, когда ежегодный отпуск должен быть продлён на неиспользованную часть по окончании учебного отпуска, поскольку работник не может быть ограничен в правах на получение полноценного отдыха по сравнению с другими работниками не совмещающими работу с обучением. Оба отпуска должны быть в полной мере предоставлены и оплачены.

Согласно П. 18 Правил об очередных и дополнительных отпусках", утв. НКТ СССР 30.04.1930 N 169 (ред. от 20.04.2010) . Если причины, мешающие работнику уйти в отпуск, наступили до его начала, то новый срок отпуска определяется по усмотрению работодателя с учётом пожелания работника.   Если же эти причины наступили во время пребывания работника в отпуске, то срок возвращения из отпуска автоматически удлиняется на соответствующее количество дней, причем работник обязан немедленно уведомить об этом нанимателя.