Как посчитать пеню за просрочку ремонта квартиры и от какой суммы считать - от договорных 100 тысяч, фактически выплаченных 156 тысяч или стоимости незаконченной установки двери?

Обычно от цены договора, а так почитайте внимательно пункт договора где прописан штраф, т.е. От 100000 руб. Мне одно не понятно почему вы заплатили на 56 руб больше чем предусмотрено договором, да ещё с просрочкой сроков, пусть лишнее возвращает.

Пеня считается от суммы договора. Если выплатили большую сумму, необходимо было подписать дополнительное соглашение к ранее подписанному договор

В ст. 309 ГК РФ говорится, что обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями и требованиями закона, иных правовых актов, а при отсутствии таких условий и требований - согласно обычаям делового оборота или иным обычно предъявляемым требованиям.

Если обязательство предусматривает либо позволяет определить день его исполнения или период времени, в течение которого оно должно быть исполнено, оно подлежит исполнению в этот день либо, соответственно, в любой момент в пределах такого периода (п. 1 ст. 314 ГК РФ).

В случае неисполнения (ненадлежащего исполнения) обязательства или просрочки исполнения одним из способов его обеспечения считается предъявление неустойки (п. 1 ст. 329 ГК РФ).

Примечание. Неустойкой (штрафом, пеней) признается определенная законом или договором денежная сумма, которую должник обязан уплатить кредитору в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, в частности в случае просрочки. По требованию об уплате неустойки кредитор не обязан доказывать причинение ему убытков (ст. 330 ГК РФ).

Дополняю. В договоре написано-уплата неустойки в размере 0.1 процента от стоимости неоказанных в срок услуг за каждый день просрочки. Как же всетаки посчитать пеню?