Как положено брать отпуск и включать ли в него выходные дни?

Оставшиеся дни от отпуска должны предоставляться либо подряд все сразу, включая выходные дни, т.к. отпуск исчисляется календарными днями, либо с разрывом в течение оставшегося периода рабочего года (или присоединяются к очередному отпуску). Такой вариант как: 5+5+4 с разрывом на выходные дни, конечно недопустим.

Бухгалтерия не может влиять на решение вопроса о предоставлении отпуска работнику. Исключение - если работник является бухгалтером. В этом случае он должен согласовывать с руководством сроки предоставления отпуска, которые включаются в планируемый на последующий год график. Если отпуск предоставляется по решению директора вне плана, бухгалтерия повлиять не может. Она обязана не позднее чем за 3 дня до предоставления отпуска выплатить отпускные. На мой взгляд в проблемной ситуации следует заранее озаботиться получением копии приказа о предоставлении отпуска (заверенной).

Даже если отпуск выбирается частями, у бухгалтерии нет права влиять. Другой вопрос, что возможна ситуация, когда решение о предоставлении одного-двух дней в счет отпуска принимается непосредственно перед днем их получения. В этом случае бухгалтерия явно не успеет этот день оплатить, но и воспрепятствовать использованию дня отпуска не имеет права. Получите заверенную копию приказа и храните у себя на случай, если будут осложнения.

Да, такой вариант возможен.

Вам же ответили Что согласно ст 125 ТК РФ часть отпуска не может быть меньше 14 дней Поэтому не может быть: сперва три дня, через месяц еще три дня.

Нет, закон не нарушается, а бухгалтерия в этом случае не права. Как уже ранее писала Вам, посмотрите ст.125 ТК РФ.