Где официально прописано как правильно (грамотно) регистрировать входящую - исходящую корреспонденцию?

Здравствуйте, Ива!

По существу заданных Вами вопросов могу пояснить следующее:

1. Ведение делопроизводства в организации зависит от ведомственной принадлежности, задач и пр. В частности, Приказом Минкультуры РФ от 08.11.2005 N 536 утверждена «Типовая инструкция по делопроизводству в федеральных органах исполнительной власти». На сегодняшний день действует ГОСТ Р 6.30-2003, который устанавливает: состав реквизитов документов; требования к оформлению реквизитов документов. При этом следует учитывать, что требования данного ГОСТа носят рекомендательный характер. Для уяснения основ делопроизводства стоит обратиться и к утратившим силу подзаконным актам: ГОСТ Р 51141-98 и ГОСТ Р 6.30-97. Составив общее представление об основах делопроизводства, Вы сможете разработать, при необходимости, локальный акт: Инструкцию по ведению делопроизводства на предприятии.

2. В соответствии со ст. 91 Трудового кодекса РФ работодатель обязан вести учет времени, фактически отработанного каждым работником. С рабочим временем законодатель связывает, в частности, ряд льгот и гарантий: ст. 92. Сокращенная продолжительность рабочего времени; ст. 93. Неполное рабочее время; ст.94. Продолжительность ежедневной работы (смены)… В целях реализации требований ТК РФ Постановлением Госкомстата РФ от 5 января 2004 г. № 1 были утверждены унифицированные формы первичной учетной документации по учету труда и его оплаты.

3. Что касается командировок, здесь достаточно большой перечень законов и подзаконных актов. Начните с Налогового и Трудового кодексов РФ.