Если в договоре аренды указано, что индивидуальный предприниматель сдает помещение в аренду, то он самостоятельно исчисляет и уплачивает НДФЛ. Если он сдает помещение как физическое лицо организации или индивидуальному предпринимателю, то НДФЛ исчисляет и уплачивает налоговый агент.
С 1 января 2013 года в соответствии с п. 10 ст. 33 Федерального закона № 122-ФЗ «О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним» от 21 июля 1997 года (с изменениями и дополнениями, вступающими в силу с 1 января 2013 года)