Основатель ООО сомневается в законности действий компании и стал свидетелем в уголовном процессе - что делать?

Конечно могут привлечь. Причем вплоть до уголовной ответственности. Вы же сами сказали, что не знаете чем занималась организация, точнее те, кто фактически от нее действовал. Поэтому самым верным будет совет - заключить соглашение с адвокатом и в полицию идти уже только с ним. Вы уже заплатили лишних 600 рублей. Сейчас уже стоит вопрос об уголовной ответственности. Если следовать советам тех кому вы звонили может возникнуть ситуация, когда вы подтвердите, что совершали преступления, используя эту организацию. Здесь очень тонко надо подходить.

Добрый день! В данной ситуации предлагаю вам ознакомиться со статьей УК РФ, под признаки которой подпадают ваши действия:

УК РФ Статья 173.2. Незаконное использование документов для образования (создания, реорганизации) юридического лица

(введена Федеральным законом от 07.12.2011 N 419-ФЗ)

1. Предоставление документа, удостоверяющего личность, или выдача доверенности, если эти действия совершены для внесения в единый государственный реестр юридических лиц сведений о подставном лице, -

(в ред. Федерального закона от 30.03.2015 N 67-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

наказываются штрафом в размере от ста тысяч до трехсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от семи месяцев до одного года, либо обязательными работами на срок от ста восьмидесяти до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до двух лет.

2. Приобретение документа, удостоверяющего личность, или использование персональных данных, полученных незаконным путем, если эти деяния совершены для внесения в единый государственный реестр юридических лиц сведений о подставном лице, -

(в ред. Федерального закона от 30.03.2015 N 67-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

наказываются штрафом в размере от трехсот до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет, либо принудительными работами на срок до трех лет, либо лишением свободы на тот же срок.

Примечание. Под приобретением документа, удостоверяющего личность, в настоящей статье понимается его получение на возмездной или безвозмездной основе, присвоение найденного или похищенного документа, удостоверяющего личность, а также завладение им путем обмана или злоупотребления доверием.

Если вы придете в с такими объяснениями в правоохранительные органы, то будете привлечены к уголовной ответственности по вышеуказанной статье.