Как правильно выделить доли в квартире, купленной в кредит и оплаченной частично за счёт материнского капитала, чтобы избежать налоговых проблем при продаже?

При дарении ваша доля не будет новым объетом. Срок владения считается с даты регистрации первоначальной доли.

Здравствуйте!

Вопрос выделения долей к Вашему праву владения кватирой НЕ имеет никакого отношения. Что бы не происходило с объектом недвижимости: разделение/соединение долей - Вы не перестаете владеть этим объектом (а размер доли, и сами доли - к вопросу о сроке исчисления налога не относятся). За расчет срока принимается ДАТА начала "первичного" владения.

Согласно ст. 235 ГК РФ изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании ст. 131 ГК РФ изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения. В связи с этим, моментом возникновения права собственности у участника общей долевой собственности на квартиру, является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников квартиры, и размера их долей, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру. Письмо Минфина РФ от 19.03.2013 № 03-04-05/7-243 и т.д.