Есть ли пени за неоплату проезда по платной дороге?

Пени нет, есть штраф.

Неисполнение обязанности по внесению платы за проезд транспортного средства по платным автомобильным дорогам, платным участкам автомобильных дорог, за исключением случаев, предусмотренных частью 2 настоящей статьи, -

влечет наложение административного штрафа в размере одной тысячи пятисот рублей (ч. 1 ст. 12.21.4 КоАП РФ).

Есть отсрочка при неполучении постановления.

Лицо, привлеченное к административной ответственности, предусмотренной настоящей статьей, и исполнившее обязанность по внесению платы за проезд транспортного средства по платным автомобильным дорогам, платным участкам автомобильных дорог не позднее двадцати дней со дня вынесения постановления по делу об административном правонарушении, освобождается от административной ответственности, а дело об указанном административном правонарушении подлежит прекращению. В случае, если копия постановления о назначении административного наказания, направленная лицу, привлеченному к административной ответственности, по почте заказным почтовым отправлением, поступила в его адрес после истечения двадцати дней после дня вынесения такого постановления, указанный срок подлежит восстановлению в порядке, предусмотренном частью 1.3 статьи 32.2 настоящего Кодекса.

Предусмотрен штраф за не оплату проезда.