Возможно ли включить в договор аренды земельного участка выплату помощи на возмещение затрат по НДФЛ до 4000 рублей?

Да, можно.

Нормы права:

ГРАЖДАНСКИЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Статья 421. Свобода договора

1. Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.

2. Стороны могут заключить договор, как предусмотренный, так и не предусмотренный законом или иными правовыми актами. К договору, не предусмотренному законом или иными правовыми актами, при отсутствии признаков, указанных в пункте 3 настоящей статьи, правила об отдельных видах договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами, не применяются, что не исключает возможности применения правил об аналогии закона (пункт 1 статьи 6) к отдельным отношениям сторон по договору.

3. Стороны могут заключить договор, в котором содержатся элементы различных договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами (смешанный договор). К отношениям сторон по смешанному договору применяются в соответствующих частях правила о договорах, элементы которых содержатся в смешанном договоре, если иное не вытекает из соглашения сторон или существа смешанного договора.

4. Условия договора определяются по усмотрению сторон, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом или иными правовыми актами (статья 422).

Да, можно включить, в ГК РФ нет запрета.

Арендодатель должен сам уплачивать свой налог. Сумму налога нужно либо включить в арендную плату, либо Арендатор сам уплачивает налог в бюджет за арендодателя (если Арендатор юр.лицо)