Как поступить, если налог и пени начислены за продажу доли в квартире, полученной по ренновации, но не был подан НДФЛ за продажу доли в старой квартире?

Вы же сами спросили:

Спасибо, но в том то и дело, что где то положениях о иенновации прописано, что срок владения старой квартирой засчитывается, хотела уточнить у специалиста

Я ответил, что НК РФ Статья 217.1.

В ней есть пункт 2 : Если иное не установлено настоящей статьей, доходы, получаемые налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.

В целях настоящего пункта и пункта 3 настоящей статьи в случае продажи жилого помещения или доли (долей) в нем, предоставленных в собственность взамен освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем в связи с реализацией программы реновации жилищного фонда в городе Москве, при исчислении минимального предельного срока владения продаваемыми жилым помещением или долей (долями) в нем в срок нахождения в собственности налогоплательщика этих жилого помещения или доли (долей) в нем включается срок нахождения в собственности такого налогоплательщика освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем.

При исчислении минимального предельного срока владения жилым помещением или долей (долями) в нем, предоставленными налогоплательщику в собственность в связи с реализацией программы реновации жилищного фонда в городе Москве, применяются положения пункта 3 настоящей статьи в случае, если право собственности на освобожденные при реализации указанной программы жилое помещение или долю (доли) в нем было получено при соблюдении хотя бы одного из предусмотренных пунктом 3 настоящей статьи условий.

Но Вы ставите минус почему-то...