Стоит ли предъявлять иск, если в подтверждение о перерыве срока исковой давности есть только такие акты взаимозачета?

Зависит от позиции другой стороны. Но если та сторона заведомо будет ссылаться на указанный срок исковой давности, то иск Вы проиграете. Обратите внимание на трактовку таких положений ВАС РФ.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ

и Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ

от 12, 15 ноября 2001 г. N 15/18

"О некоторых вопросах, связанных с применением норм

Гражданского кодекса Российской Федерации об исковой давности"

" 17. При оценке судами обстоятельств, свидетельствующих о перерыве течения срока исковой давности, необходимо, в частности, учитывать, что предъявление в установленном порядке платежного документа на безакцептное (бесспорное) списание, право на которое предоставлено кредитору законом или договором, не прерывает течения срока исковой давности, поскольку для перерыва течения срока исковой давности требуется предъявление иска (статья 203 ГК РФ).

18. Правила статьи 203 ГК РФ о перерыве течения срока исковой давности в связи с совершением обязанным лицом действий, свидетельствующих о признании долга, не могут быть применены к отношениям между организациями по признанию долга, имевшим место до вступления в действие части первой ГК РФ, поскольку действовавшим в тот период законодательством такого основания перерыва течения срока исковой давности в отношениях между юридическими лицами не предусматривалось. При этом, исходя из практики применения статьи 86 Гражданского кодекса РСФСР, судам следует учитывать, что течение исковой давности прерывалось совершением обязанным лицом действий, свидетельствующих о признании долга, по спорам, в которых одной или обеими сторонами являлись иностранные организации.

В тех случаях, когда правоотношения сторон возникли до 1 января 1995 года, а действия, свидетельствующие о признании долга, совершены обязанным лицом после этой даты, соответствующие предписания статьи 203 ГК РФ подлежат применению.

19. При исследовании обстоятельств, связанных с совершением обязанным лицом действий, свидетельствующих о признании долга (статья 203 ГК РФ), суду необходимо в каждом случае устанавливать, когда конкретно были совершены должником указанные действия, имея при этом в виду, что перерыв течения срока исковой давности может иметь место лишь в пределах срока давности, а не после его истечения.

20. К действиям, свидетельствующим о признании долга в целях перерыва течения срока исковой давности, исходя из конкретных обстоятельств, в частности, могут относиться: признание претензии; частичная уплата должником или с его согласия другим лицом основного долга и/или сумм санкций, равно как и частичное признание претензии об уплате основного долга, если последний имеет под собой только одно основание, а не складывается из различных оснований; уплата процентов по основному долгу; изменение договора уполномоченным лицом, из которого следует, что должник признает наличие долга, равно как и просьба должника о таком изменении договора (например, об отсрочке или рассрочке платежа); акцепт инкассового поручения. При этом в тех случаях, когда обязательство предусматривало исполнение по частям или в виде периодических платежей и должник совершил действия, свидетельствующие о признании лишь какой-то части (периодического платежа), такие действия не могут являться основанием для перерыва течения срока исковой давности по другим частям (платежам)".